Niezależnie od sposobu prowadzenia uprawy, owoce miękkie podatne są na niszczące działanie chorób oraz szkodników. Wśród chorób szczególne zagrożenie niosą ze sobą patogeny grzybowe, takie jak
Bortytis Cinerea, wywołujące szarą pleśń, grzyby
z rodzaju
Colletotrichum oraz
Kabatiella, wywołujące antraknozy, grzyby z rodziny mączniakowatych (
Erysiphaceae), wywołujące mączniaka prawdziwego, a także grzyby z rodzaju
Phytophtora spp... Spośród szkodników,
najczęstszymi organizmami atakującymi uprawy owoców miękkich są przędziorki, mszyce, mączliki, wciornastki oraz opuchlaki, jak również muszka
Drosophila Suzuki.
W odpowiedzi na rosnącą presję chorób i szkodników, a także uodpornianie się wrogich organizmów na działanie popularnych pestycydów oraz zmniejszającą się ilość dopuszczonych do stosowania środków chemicznych, stale rozszerzany asortyment naturalnych
środków ochrony roślin, będących alternatywą dla chemii.